1991年進入福武書店(現已改制為Benesse Corporation,倍樂生集團),兼任國吉康雄美術館主任研究員;之後因策畫「直島倍樂生藝術之地」(Benesse Art Site直島)聲名大噪,成為知名藝術專案負責人(Art Projector)。
2001年,秋元雄史除了孕生出直島的象徵作品:草間彌生《南瓜》「Out of Bounds」展外,更居中斡旋、企畫了舊民宅作品化的「家 Proiect」。2002年,他開始構思「地中美術館」(Chichu Art Museum)並參予指導,其靈感來源為莫內的名作《睡蓮》。自2004年開館起,他出任地中美術館長兼公益財團法人「直島福武美術館」財團常務理事,同時擔任直島倍樂生藝術之地的藝術總監。過去,直島倍樂生一年內的遊客不到三萬名,卻在2005年突破了12萬人次,達到首次的單年度盈餘。